Il existe plusieurs affinités:
le feu (Katon)
l'eau (suiton)
l'éléctricité (Raiton)
le vent (fuuton)
la terre (doton).
Les ninjas connaissent leurs affinités avec un morceau de papier spécial. Il malaxent leur chakra et ils savent leurs affinité:
si il brûle, c'est katon,
si il s'humidifie, c'est suiton,
si il se froisse, c'est raiton,
si il se coupe en deux, c'est fuuton,
si il tombe en poussière, c'est doton.
Les ninjas n'ont qu'une seul affinité de départ, même les kages. Ils pourront demander aux autres kages d'affinité différente (village de Konoha: katon; Suna: fuuton, Kiri: suiton, Kumo: raiton, Oto: doton) de leur enseigner l'affinité du village.
Il existe des mélange d'affinité qui font une seule affinité:
Mokuton: bois: mélange du suiton et du suiton
Hyoton: glace: mélange du fuuton et du suiton
Kinton: métal